Respecto al Flash… no se irá al traste porque tiene muchas más funciones, pero en lo que a reproductor de vídeo se refiere, y es una opinión, sí. Ahora bien, obviamente no es algo que sucederá a corto plazo.

Internet Explorer es un caso especial. Se espera que en la versión 9 implementen HTML 5, y por tanto también la etiqueta video. Habrá que ver si se ponen las pilas y comprobar como funcionan algunas novedades interesantes que han prometido, como el renderizado total de páginas webs vía GPU.
Por otra parte, según tengo entendido, Microsoft, junto con Apple, presionaron al consorcio encargado de aprobar la especificación para que no se detallase el códec a utilizar, y de esta forma usar los suyos, de mejor calidad, pero privativos. Así que me temo un intento de impulsar, otra vez, el fracasado formato “WMV”. También está la cuestión incierta de su minoritario Silverlight y su función como reproductor. Asuntos, todavía, poco claros.

Una gran característica de Flash como reproductor de vídeo es que gracias a él, el usuario final se olvida de codecs y demás tecnicismos. Y es algo, que la implantación de html5, debe heredar. Ya veremos que sucede.

La inmensa versatilidad y democratización que ofrece Flash no se irá al traste por que se haya añadido una etiqueta vídeo en HTML5 :P

No has comentado nada de la implementación de html5 en IE, y creo que siempre ha pesado bastante la postura de este en el desarrollo de internet.